Avec le lancement du Programme ontarien de dépistage sérologique maternel en 1993, un cadre pour le système de dépistage prénatal en Ontario a été établi. L'introduction ultérieure du dépistage de la clarté nucale (CN) et le transfert du dépistage sérologique vers les hôpitaux ont permis au système de passer d'un projet pilote à un déploiement à l'échelle de la province en 2003. Au fil des années, les laboratoires participants et les experts cliniques se sont régulièrement rencontrés pour soutenir la prestation continue d'un dépistage de haute qualité en Ontario. En 2016, le Conseil provincial de la santé maternelle et infantile (PCMCH) a mis sur pied un groupe de travail sur la stratégie de dépistage prénatal. Ce conseil a soumis des recommandations au ministère de la Santé et des Soins de longue durée (MSSLD) décrivant les principes essentiels d'une stratégie provinciale de dépistage prénatal.
En 2017, le budget provincial a annoncé que «l'Ontario investit dans la création d'un programme provincial de dépistage prénatal qui améliorera l'accès à un dépistage prénatal standardisé et de haute qualité dans toute la province». Dépistage Prénatal Ontario a été lancé suite à cette annonce et est pleinement opérationnel depuis 2018.